Першымі каталіцкімі манахамі, якія пачалі сваю місіянерскую i пастырскую дзейнасць сярод насельніцтва Полацка, былі бернардзінцы – манахі адной з галін францысканскага ордэна, якія прытрымліваліся больш строгага статуту Францыска Асізскага. Назва гэтага манаскага ордэна паходзіла ад імя рэфарматара Бярнарда Сіенскага. Апраналіся бернардзінцы ў хабіт цёмна-шэрага ці карычневага колеру з капюшонам, насілі пояс з белай воўны, на якім былі завязаны тры вузлы – сімвал трох зарокаў, якія давалі манахі на ўсё жыццё: чысціні, беднасці і паслушэнства. Галоўнай іх мэтай на беларускіх землях была місіянерская праца сярод праваслаўнага насельніцтва, а таксама пастырская дзейнасць.
На беларускія землі бернардзінцы прыйшлі з Польшчы, а ў Полацку з’явіліся ў 1498 г. па запрашэнні вялікага князя Аляксандра, які даў ім свой прывілей і выдзеліў частку горада над ракой Палатой. Бернардзінцы ў Полацку ахрысцілі вялікую колькасць людзей, а іншых «навярнулі ад схізмы». Каля іх канвента вырасла каталіцкая парафія ў некалькі тысяч чалавек. У Полацку кляштар быў заснаваны Уладыславам з Гялнёва, які на той момант узначальваў Малапольскую правінцыю. Першым полацкім гвардыянам (настаяцелем кляштара) стаў Леан з Ланцута (1498–1512?), а потым манаскай супольнасцю кіраваў Банавентура Ліцвін, які загінуў падчас аблогі горада ў 1514 г.
Канвент бернардзінцаў знаходзіўся ў заходнім прадмесці горада, за мостам, недалёка ад вусця Палаты. Бернардзінскія кляштары, якія будавалі на тэрыторыі беларускіх зямель, у архітэктурным сэнсе можна аднесці да аднаго тыпу – гэта былі пабудовы ў форме квадрата з садам пасярэдзіне і касцёлам, які займаў адзін бок. Звычайна, бернардзінцы мелі вялікія агароды і сады, а часта і рыбныя ставы. Келлі напачатку былі вельмі сціплымі, у іх меліся толькі ложак з сеннікам ды зэдлік з мядніцай. Больш рэчаў было ў прапаведніка, гвардыяна і яго намесніка – вікарыя. Падлога рабілася з бітай гліны, а ў келлях – з цэглы.
Вялікі князь Аляксандр, фундуючы бернардзінаў у Гродне, дараваў ім у 1494 г. «даўнія княжыцкія могілкі», а Полацку падараваў два келіхі. Бывала і так, што старыя і заможныя кляштары перадавалі касцельныя рэчы больш новым і бедным, напрыклад, віленскі – полацкаму. Мала што з гэтых падарункаў захавалася да нашага часу.
У 1563 г. Іван Жахлівы захапіў Полацк. Кляштар бернардзінаў загадаў спаліць, а манахаў, не пажадаўшых прыняць праваслаўе, пазабіваць. Гвардыян Павел, а таксама Дамінік, Марцін, Вацлаў, Адам загінулі смерцю пакутнікаў 12 студзеня (іх партрэты ёсць у скарбніцах віленскага бернардзінскага касцёла Святых Францыска і Бернарда), а маёмасць кляштара была перададзена праваслаўным.
У 1696 г. полацкі ваявода Дамінік Міхаіл Слушка зноў запрасіў бернардзінцаў у горад. Для іх на левым беразе Дзвіны былі пабудаваныя драўляныя касцёл Маці Божай і кляштарны корпус. Пасля смерці Д. Слушкі ахвяраванні на будаўніцтва кляштара рабілі Буйніцкія – падчашыя Полацкага ваяводства. Каменныя будынкі касцёла Святой Дзевы Марыі і кляштара пабудаваны ў 1769 г. у стылі барока на месцы драўляных. У 1772 г. у кляштары было 10 манахаў, дзейнічала філасофская школа. У комплекс кляштара ўваходзілі гаспадарчыя пабудовы – пякарня, бровар, лядоўня, кузня, стайня, лазня, пладовы сад з агародам. Агулам 30 жылых і 8 нежылых памяшканняў.
У 1832 г. кляштар быў зачынены, касцёл ператвораны ў праваслаўную царкву Іаана Багаслова, а манахі пераведзены ў Друйскі кляштар. У пачатку 1930-х гг. савецкія ўлады закрылі царкву. У часы Вялікай Айчыннай вайны комплекс быў пашкоджаны, ад касцёла засталіся руіны. Захаваўся толькі жылы корпус, у якім з 1950-х гг. размесцілася медыцынская ўстанова.